水木书院始终将班团集体作为学生成长的重要基石，致力于打造具有凝聚力与活力的育人共同体。各班团在思想引领、学风建设、文体活动与志愿公益等方面开展丰富多彩的特色活动，通过主题团日、学术研讨、体育赛事等载体，营造了“大鱼前导，小鱼尾随”的从游文化。班团建设不仅强化了同学们的归属感，更成为涵养家国情怀、锻炼综合能力的重要平台，持续为书院培养拔尖创新人才注入蓬勃力量。
水木书院党建工作始终将学生党支部和水木TMS分会作为引领学生成长的重要力量，致力于打造具有思想深度与实践活力的育人共同体。学生党支部与水木TMS分会在理论学习、实践锻炼、思想交流与文化传承等方面开展了一系列特色活动，通过党课小组、实地调研、专题讨论等载体，营造了“学思践悟，知行合一”的党建文化。
水木书院自成立以来，坚持 "无体育，不清华"，"有美育，更清华"的理念，构建了特色鲜明的体育和美育体系。
体育方面，水木书院独创“书院特色体育课程”，并聘任五位不同项目的体育班主任。基于项目特点，书院建设并支持了涵盖篮球、足球、羽毛球等7个不同项目的体育俱乐部，广泛吸纳书院同学参与。书院积极创新集体锻炼形式，在素质训练基础上融入部分“小众项目”，丰富同学体验。书院还开展篮球、羽毛球、乒乓球等院内联赛，培养同学们的竞技体育精神，营造出蓬勃向上的体育氛围。
水木书院鼓励学生走出校园、走进社会，用脚步丈量祖国大地，用双眼观察风土人情。各班团积极开展学期中实践，参观红色基地深化思想引领，走进高新企业探讨技术创新，在实践中强化集体建设。书院将寒暑假社会实践作为人才培养的关键环节，围绕“AI+”、“未来工程”等主题，组织学生前往全国各地，广泛、深入地开展学习调研、专业认知、专题调查、服务建设等各类实践；同时注重培养学生的全球视野，组织海外实践支队，在国际交流中展现青年智慧，贡献青年力量。
水木书院深耕志愿公益领域，打造多元服务矩阵。“清” 年爱劳动以团支部为单位，开展图书整理、校园清洁、巡逻值守等志愿服务，凝聚青春合力共建美好校园；手机值班室志愿者化身数字向导，通过一对一陪伴教学，助力长者破解智能手机使用难题，倾听需求优化服务，架起智能时代连心桥；社区科学史科普项目招募课件制作与课堂授课志愿者，以趣味化、互动化形式讲述网络发展、航天探索等主题，点亮青少年科学梦想；与武装部深度合作的 “拥军优属” 志愿项目，通过军属子女线上答疑、部队军考线下培训，传递社会关怀，彰显责任担当。
水木书院致力于营造独具特色、富有活力的科研与科创氛围。面向新生推出的“水木博识堂”以小型学术沙龙的形式拓展学生的学术视野，邀请青年教师、博士后以及优秀高年级博士生主讲，围绕“AI+”“未来工程”等前沿方向介绍领域概况与最新创新成果，与不超过 20 名同学进行面对面深入交流。域概况与最新创新成果，与不超过 20 名同学进行面对面深入交流。书院与土木、电子等院系合作举办多项科创赛事，包括结构设计大赛、“安世（中国）杯”挑战赛等，为学生提供接触科研、参与创新实践的重要平台，帮助同学们在赛事的竞争与合作环境中提升科研素养与工程能力。同时，书院还面向全体学生开设多类技能培训课程，如“计算机素养训练营”等，系统提升同学们在科研与学习中的实用技能，为未来的学术探索和创新实践奠定坚实基础。
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