2025年10月25日，水木书院与至善书院联合举办校友党课活动，特邀王世豪校友返校，围绕“思想入党与基层实践”主题，与同学们分享他作为一名青年党员从清华走向山西左权的成长历程与思考。两个书院当期积极分子培训班全体学员、水木5党支部与至善5党支部党员，以及众多对基层工作与党员发展路径感兴趣的积极分子参加。
9月11日凌晨，夜色深沉，一声号令划破寂静，军训12连中的水木书院全体同学，背负行囊、斗志昂扬，毅然踏上这场淬炼身心的征程，水木书院院长冯鹏老师和同学们一一击掌，为同学们加油鼓劲，从清华园到圆明园，他们以星辰为伴，用脚步书写青春，用汗水见证成长。
初秋的风啊，就这样轻轻拂过水木书院的林荫道，将军训场上迷彩服的飒爽气息与教学楼里飘出的淡淡书香缠绕在一起。这抹流动的“迷彩绿”，绘成了书院最动人的风景！十二连水木学子们身着迷彩，把青涩藏进挺拔的军姿，将热血注入铿锵的步伐，在训练的磨砺与知识的滋养中，让青春的棱角愈发坚韧。
9月3日上午，庄严隆重的纪念中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利80周年阅兵式在北京天安门广场举行。清华大学水木书院全体新生齐聚综合体育馆，共同观看了这场气势恢宏的国家盛典。
9月3日下午，水木书院院长冯鹏老师、院长助理杨汉波老师、学生组组长丁然老师、教学委员会秘书张道博老师以及水木书院行政老师们、团学组织的志愿者们一同前往北馆篮球场，对水木书院参加新生军训的同学们进行慰问。
8月27日晚，水木书院2025级本科生第一堂党课在六教6A016如期举行。清华大学马克思主义学院副教授，博士生导师李蕉老师以“建设一个‘伟大的工程’”为题讲授专题党课。水木书院院长助理杨汉波老师主持活动。
